“夏亚的反叛”的第二次新吉翁战争12年后，宇宙世纪105年（U.C.0105），一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织开始以暗杀政府高官的方式对抗强权统治的地球联邦政府。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。虽被展现奇异力量的少女琪琪·安达露西亚言语捉弄，但哈萨维仍为实现马夫蒂的目标而步步推进。与此同时，追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格收到了刑事警察机构汉德利·约克桑的密约提议。在哈萨维与肯尼斯各自为实现目标而行动时，琪琪亦为履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。「機動戦士ガンダム」の富野由悠季監督が1989～90年に発表した全3巻の小説「機動戦士ガンダム 閃光のハサウェイ」をアニメーション映画化する3部作の第2部。「機動戦士ガンダム 逆襲のシャア」から12年後を舞台に、腐敗した地球連邦政府に反旗を翻す青年ハサウェイ・ノアの戦いを描く。「シャアの反乱」と呼ばれた第2次ネオ・ジオン抗争から12年後の宇宙世紀105年（U.C.0105）。圧政を強いる地球連邦政府に対し、政府高官の暗殺という方法で抵抗を開始した反地球連邦組織「マフティー」。そのリーダー、マフティー・ナビーユ・エリンの正体は、一年戦争をアムロ・レイととも戦ったブライト・ノアの息子、ハサウェイ・ノアだった。不思議な力を示す少女ギギ・アンダルシアの言葉に翻弄されながらも、マフティーとしての目的遂行のため歩みを進めるハサウェイ。一方、マフティーを追う連邦軍大佐ケネス・スレッグは、刑事警察機構のハンドリー・ヨクサンから密約を持ちかけられる。ハサウェイとケネスがそれぞれの目的のために動くなか、ギギもまた自分の役割のため、ホンコンへと旅立つ。ハサウェイ役の小野賢章、ギギ役の上田麗奈、ケネス役の諏訪部順一らメインキャストが前作に続いて出演。監督の村瀬修功、脚本のむとうやすゆき、音楽の澤野弘之らメインスタッフも続投した。